他筹划编制中华民国法律，制定《宪纲大旨》和《司法部分职细则》以及《临时中央裁判所官制令草案》等重要文件；铨选司法部各厅、司官员；批复筹办南京监狱改良会、金陵法政学校，监狱学校以及司法警察研究所等。他咨请各省都督停止野蛮审讯，实行文明审案。开创并建立现代法庭辩论式诉讼为主要内容的审判模式。

      历史虽然进入了新时代，国称民国，体叫共和。但民主、法制思想并不会因此而自然生根。（经过了一百多年，现在应该生根了吧。）国民虽然减掉了头上的辫子，但剪有形辫子易，剪无形辫子难，加之“秀才遇到兵，有理说不清”。临时政府的各级军政府的官员有法不依，以权压法，拥兵自重的现象严重存在。伍廷芳对此进行了艰难的斗争，“姚荣泽案”和“宋汉章案”便是两起伍廷芳与沪军政府“法”斗“权”，“理”斗“兵”的典型案例。

      姚荣泽是清朝末年江苏山阳县的县令。武昌起义爆发后，山阳县革命志士周实、阮式为响应革命，创办学生团并被推举为首领。在江苏清江独立时，山阳县官绅拥护其县令姚荣泽反正（用鲁迅先生的话说，那时连阿Q都革命了）。姚态度虽暧昧，但还是勉强答应就任山阳县的司法长官，但在淮安光复大会上姚荣泽却又隐匿不出。阮式对其行为十分不满。斥责他是骑墙观望，首鼠两端！随后，周实、阮式向上海军政府控告姚荣泽侵吞公款，贪赃枉法。姚怀恨在心，谋划报复。不久，便派人以极其残忍的手段将周、软二人杀害。不久事发，出逃的姚荣泽被捕。

      围绕着如何审判姚荣泽，大律师出身的司法总长伍廷芳与军人出身的沪军都督陈其美展开了一场激烈的争执和冲突。

      由于周实和阮式是革命志士，又是同盟会同仁，加之死者家属和社会舆论的压力，陈其美致电孙中山称：“今民国方新，岂容此民贼汉奸，戴反正之假面具，以报私仇？杀我同志，其美不能不为同仁昭雪，粉身碎骨，有所不辞！”他请求将姚荣泽引渡到上海，以军法审讯。得到孙中山的批准。

      而伍廷芳则认为：民国方新，应当文明审判。正因为此案严重，尤当周详考虑。他向孙中山建议组织临时裁判所公开审理姚案，并由精通中外法律的专家作为审判员主审。同时选出“通达事理、公正和平”的人担任陪审员，准许辩护人到庭为姚荣泽辩护，任何人都可以参加旁听，以此展示民国司法气象。孙中山也同意了伍廷芳的建议。

      接下来，围绕审判官的任命、开庭日期、是否让外国律师出庭辩护等事项，伍廷芳与陈其美又展开了激烈的争执。

      陈其美单方任命军法司总长蔡寅担任姚案临时裁判所庭长。伍廷芳认为陈其美以行政权干预司法权，不符合法制。他致电陈其美：裁判官应由司法部决定，沪军督府无权插手。并随即以司法部的名义委派有深厚法律学养和背景的陈贻范为庭长。但陈其美仍然坚持要蔡当庭长，相持之下，伍廷芳提出了一个变通的办法：取消裁判所正副所长之名，统称裁判官。但座次位置，以陈贻范居中，蔡丁二人居左右。陈其美勉强同意了伍廷芳的意见。

      这一回合，看似伍廷芳作了妥协，但却变通性地保留了法官座次居中为首席，一定程度上体现了英美法系审判制度的原则。

      对姚荣泽提出要聘请外国律师为其辩护的申请，伍廷芳认为法庭应当允许，但却遭到陈其美强烈反对，他认为：“并非华洋交涉案件”，原被告都是华人，“裁判地点亦在华界之内，与外国人绝不相干。”伍廷芳则认为：审判虽在华界，但却毗邻租界，颇为外国人瞩目。何况此案是中国首次以文明办法审理此案，正可向外国人展示中国法律之进步。以此为日后中国律师到租界办案之张本。但陈其美寸步不让，他质问伍廷芳：“文明各国法律，有采用相互主义者？试思吾国律师，居留外国时”，“外国法院能允许吾国律师有莅庭辩护之权乎？”陈其美进一步说道：此案“若一经让步，异日援例，要求者势必接踵而起，主权丧失，口实贻人，仆与我公将为众矢之的，后悔何及？”面对陈其美耸人听闻的质问，伍廷芳写了一封长信给陈其美，信中说道：在中外审判史上，本国律师为他国人出庭辩护不乏其例，中国律师丁榕、伍朝枢等就曾在英国法庭为英国人作过辩护。中国租界之内设有外国法庭，是中国的耻辱。不去解决这一根本问题，却在外国律师出庭这一问题上反复纠结。何况此前上海闸北法庭审理的一些案件，已有准许外国律师辩护的先例，并未“援为成例”，更无需担心导致“主权丧失”。还有，内地案件如遇有聘请外国律师，一般情况下司法部是不会“轻率许可”的。中国法学尚属幼稚，合格律师尚属少数，准许外国律师出庭，将有助于我国律师进益、法学发展。

      伍廷芳的长信并未说服陈其美，陈反唇相讥回信伍廷芳说他是“斤斤计较”，“以博虚誉”。见一直难以说服陈其美，伍廷芳只好以资深法律人和司法总长的权威，指责陈其美的行为涉嫌干预法庭审判，破坏司法独立。若继续事事干涉，司法部岂非形同虚设？

      姚案开庭前的伍、陈“笔仗”打得十分闹热，但开庭后的姚荣泽并未聘请外国律师为其辩护。伍、陈之间的争论最终流于“笔谈”。但这次的激烈论辩却着实反映了民国革命党人和法律人价值观的冲突。

      姚荣泽最终没有被判死刑，后来还因袁世凯大赦获释。为此，伍廷芳遭到革命党人群起而攻之。姚案的最终结果虽然有点“乌龙”，但该案的审判程序是完全合法公平的，这也是作为大律师出身的伍廷芳对民国法庭重审判独立，重程序合法的审判机制所作出的一个重要贡献。

      宋汉章时任中国银行上海分行经理。上海光复之初，军政府都督陈其美为缓解财政困难和军费不足。多次向上海分行借钱。宋汉章以手续不合而拒绝。陈其美一怒之下，借口宋“侵蚀国款，妨害饷项”将其逮捕。事发后，中国银行分别致电南北政府，请求干预释放宋汉章。伍廷芳将其电函转给陈其美，并直言批评陈是“藐视司法，侵越权限。”他严肃提醒陈其美：“此民权恢复之时，万不容再有丝毫专制事实存留于天壤。”他还警告说：“如有悍然为之而不顾者，无论勋劳如何，资望如何，均当视为人民之公敌。”如果宋汉章真正涉嫌犯罪，按照《临时约法》的规定，也应当由司法部会同财政部加上银行监督依法查清。

      宋案后来传到了袁世凯耳中，他获悉案件情况后派人通知陈其美放人。加之各方压力，陈便以宋案证据不足为由，让其保释。

      围绕“姚宋两案”，伍廷芳与陈其美的法、权之辩，反映了民国初年维护法制和实行法治的艰难。而要真正推进司法现代化，绝非是一条平坦的大道。伍廷芳忍辱负重的艰辛付出，既值得法律后辈景仰，也值得今天的法律人思考。

      回顾律师“鼻祖”伍廷芳先生的一生，正如时任上海军政府民政总长李平书回忆所说：在历史的紧要关头“当日若非伍先生出任外交，各领事未必承认，而后日之南北议和、入京任职乃至广东护法，始终不渝，卒以身殉，······回想当日情形，可谓先生之风，山高水长，先生之义，与日月争光矣！”

      1922年，伍廷芳积劳成疾，在广州病逝，享年80岁。